BVS-Site é um gerenciador de interface, que permite criar e administrar uma BVS. Utiliza metodologias e tecnologias que geram um espaço virtual para consulta e navegação através dos conteúdos e serviços que são alimentados, gerenciados e atualizados de forma independente pelas instituições.

O BVS-Site permite três formas de acesso à coleção de fontes de informação: pesquisa livre por palavras a partir da página principal; por fontes de informação organizadas em grandes grupos; ou através de áreas temáticas pré-idenficadas e configuradas. A criação de áreas temáticas permite realizar um filtro de pesquisa por todas as fontes configuradas no sistema, mostrando o total de referências encontradas para cada tema.

O site público da BVS é altamente configurável, utilizando as tecnologias de CSS (Cascading Style Sheets) e XSL(T).