Las fuentes de información se producen y operan de forma descentralizada y online, lo que amplía su visibilidad y accesibilidad, promueve la cooperación entre instituciones y evita la duplicación del trabajo. Por ese motivo se crean, se organizan y operan según metodologías predefinidas. En la BVS cada tipo de fuente de información tiene su propia metodología, que incluye manuales, guías y sistemas que facilitan su implantación.
El desarrollo de las metodologías y sistemas es realizado por BIREME con la colaboración de la Red BVS. Se preconiza la adopción de patrones y normas internacionales ampliamente adoptadas em sus áreas y el uso de herramientas open source según estándares de arquitectura de información, accesibilidad y capacidad de respuesta. Poder compartir los flujos y procesos en uso de las metodologías y tecnologías en el ámbito de la BVS valora la transparencia de las interacciones entre todos los participantes de la red y fortalece el concepto de interoperabilidad en la gestión de fuentes de información.
En las instancias y la Red BVS se recomienda que cada fuente de información sea coordinada por una institución, de acuerdo con la matriz de responsabilidades. La institución coordinadora es responsable de la integridad de esta fuente de información siguiendo la metodología que corresponde.